Một số khán giả nghi ngờ rằng Mnet đã can thiệp vào tổng số phiếu bầu sau khi nhận thấy các mẫu số trong tập cuối. Đáp lại các cáo buộc, Mnet thừa nhận rằng có lỗi trong tính toán, nhưng họ cũng cho rằng thứ hạng cuối cùng là chính xác và không có ý định thay đổi đội hình thành viên của X1. 14 đại diện từ các công ty giải trí của 20 người vào chung kết đã tổ chức một cuộc họp vào ngày 29 tháng 7 năm 2019 và đồng ý hỗ trợ kết quả của Produce X 101 và lần ra mắt của X1.

Vào ngày 1 tháng 8 năm 2019, 272 người xem đã đệ đơn kiện Mnet vì gian lận bầu cử, vì dịch vụ bỏ phiếu văn bản tại chỗ của họ bị tính phí per 100 mỗi phiếu. Chính trị gia Ha Tae-kyung cũng lên án Mnet, nói rằng một số con số có xác suất xảy ra tự nhiên thấp. Vào ngày 20 tháng 8 năm 2019, lệnh khám xét đã được ban hành tại các văn phòng của CJ E & M và một công ty bỏ phiếu văn bản của Cơ quan Cảnh sát Thủ đô Seoul. Trong lần tìm kiếm đầu tiên, cảnh sát đã phát hiện ra các bản ghi âm giọng nói của các nhân viên thảo luận về việc thao túng phiếu bầu trong các phần trước của chương trình, dẫn đến việc họ mở rộng điều tra đến cả bốn phần của loạt Produce 101, Idol School, Cho tôi xem Tiền và Siêu sao K. Một số thương hiệu đã hủy thỏa thuận chứng thực với X1 hoặc tạm dừng. Mặc dù vậy, lần ra mắt đầu tiên của X1 đã diễn ra như dự định.

Vào ngày 1 tháng 10 năm 2019, Cơ quan Cảnh sát Thủ đô Seoul xác nhận rằng phiếu bầu của các thực tập sinh bị loại đã được thêm vào tổng số phiếu bầu của các thành viên đã ra mắt trong X1, một quá trình ảnh hưởng đến 2-3 học viên ban đầu nằm trong top 11. Cảnh sát đã ban hành lệnh khám xét và thu giữ tại các văn phòng của Starship Entertainment, Woollim Entertainment và MBK Entertainment. Cảnh sát cũng điều tra một số cơ quan liên quan đến Produce 48. Được biết, mỗi hợp đồng đã ký với CJ E & M, các công ty giải trí đã được trả 100.000 Yên cho mỗi tập phim mà tài năng của họ xuất hiện. Một thực tập sinh ẩn danh cho rằng chỉ có 1 triệu được trao cho các cơ quan tài năng của họ khi tham gia một bài hát, trong khi mỗi người tham gia sẽ chỉ nhận được một tỷ lệ nhỏ và CJ E & M sẽ giữ lợi nhuận bổ sung nếu bài hát hoạt động tốt. Một số cơ quan giải trí không đồng ý sẽ yêu cầu tài năng của họ bị loại bỏ vào phút cuối để rút họ.

Vào ngày 15 tháng 10 năm 2019, MBC đã phát một tính năng về tranh cãi gian lận phiếu bầu trên PD Note. Những người tham gia Produce X 101 và Idol School và các quan chức cơ quan cáo buộc nặc danh rằng các đội sản xuất đã thiên vị cho các thực tập sinh mà họ ưa thích, chẳng hạn như buộc các nhà sản xuất bài hát cung cấp cho nhiều thực tập sinh nhiều dòng hơn và cung cấp cho họ nhiều thời gian hơn trên màn hình. Một thực tập sinh ẩn danh cáo buộc rằng một thực tập sinh, chịu áp lực từ Starship Entertainment, đã được bí mật thông báo về một nhiệm vụ trước bởi một trong những biên đạo múa. Ông cũng cáo buộc rằng một số thực tập sinh biết thứ hạng cuối cùng trước khi kết quả được công bố, và một thực tập sinh từ Woollim Entertainment đã được một trưởng nhóm nói rằng chỉ một người trong công ty của họ sẽ ra mắt trong X1.

Hai thực tập sinh cho rằng vị trí trung tâm của bài hát chủ đề, "X1-MA", ban đầu được giao cho một thí sinh khác được chọn bởi phiếu thực tập sinh trước khi nhà sản xuất thay đổi nó để khán giả bình chọn vào phút cuối. Một thực tập sinh thứ tư tuyên bố rằng nhiều người tham gia cảm thấy chương trình bị thiên vị đối với các thực tập sinh từ Starship Entertainment. Các thành viên nhân viên cáo buộc nặc danh rằng, đối với kết quả xếp hạng cuối cùng, chỉ có một nhà sản xuất ngoài địa điểm đã đếm số phiếu trong một phòng riêng và gửi cho họ kết quả qua tin nhắn văn bản. Sau báo cáo, vào ngày 16 tháng 10 năm 2019, cảnh sát bắt đầu điều tra xem liệu các nhà sản xuất có chấp nhận tiền để thao túng phiếu bầu hay không. Vào ngày 17 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Tiêu chuẩn Truyền thông Hàn Quốc tiết lộ rằng họ có thể phạt Mnet tới 30 triệu Yên vì vi phạm Nghị định Thực thi của Đạo luật Phát thanh.

Vào ngày 5 tháng 11 năm 2019, sau khi được Tòa án Quốc gia Seoul chấp thuận, cảnh sát đã ban hành lệnh bắt giữ và cấm đi lại đối với đạo diễn Ahn Joon-young, giám đốc sản xuất Kim Yong-bum, một nhà sản xuất với họ Lee và phó chủ tịch của Starship Entertainment Kang-hyo, sau khi họ cố gắng tiêu hủy bằng chứng. Đến tối, Ahn và Kim Yong-bum bị bắt. Trong quá trình đặt câu hỏi, Ahn thừa nhận đã thao túng bảng xếp hạng cho Produce 48 và Produce X 101. Cảnh sát cũng phát hiện ra rằng Ahn đã sử dụng dịch vụ từ các cơ sở giải trí dành cho người lớn ở Gangnam được các cơ quan tài năng khác nhau trả khoảng 40 lần bắt đầu từ nửa cuối năm 2018, ước tính lên tới 100 triệu yên. Tiếp tục vào ngày 17 tháng 11, sau khi tra khảo lần 2, cảnh sát xác nhận rằng Produce 101 mùa 1 và 2 cũng có gian lận thao túng phiếu bầu khiến cư dân ngày càng nổi giận hơn.